分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中，我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體，例如 NAMD和HOOMD
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| 視覺分子動力學中的離子佈局 Stone, Phillips, Hardy, Schulten |
以 1個NVIDIA繪圖處理器運作HOOMD 運作分子動力學程序(LAMMPs的效能勝過16個中央處理器 Anderson, Lorenz, Travesset |
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- MDGPU
- GPUGrid.net
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- ACEMD 生物分子動力學套裝軟體
- AMBER(即將推出) – 請參考使用OpenMM的論文
- BigDFT : DFT (密度函數理論)電子結構編碼 -- PDF檔案
- LAMMPS GPU埠
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- NAMD和VMD刊物
- 基於GPU硬體的光滑粒子-Mesh Ewald (Smooth Particle-Mesh Ewald ;PME)方法
- 在GPU（图形处理器）上加速AMBER分子动力学模拟
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