序列和蛋白質接合為重度運算的任務，因此在使用支援CUDA的GPU後，更可以明顯看出效能提升所帶來的好處。
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| 利用GPU加速HMMER 可利用的資訊學 |
利用GPU提高DNA序列比對的效率 Schatz, et al |
使用CUDA的生醫資訊軟體
- GPU HMMER :在支援CUDA的GPU上執行HMMER
- MUMmerGPU:使用CUDA提高DNA序列比對的效率
- CUDASW++ : 利用支援CUDA的GPU進行蛋白序列資料庫 (Smith-Waterman)掃描
- GPU 上的 Smith-Waterman 代碼
- 線上CUDA Smith-Waterman
- 採用CUDA的ClustalW : 使用CUDA的多重序列排比
- 蛋白質摺疊研究計畫Folding @ home使用支援CUDA的GPU
- LISSOM:人類大腦新皮質模型使用CUDA
- Silicom Informatics推出基於CUDA的AutoDock
- 序列比對
